Как нередко случалось во времена распространения христианства, первые церкви строились на месте языческих храмов. Не стал исключением в этом плане и монастырь Дейрулзафаран. Согласно данным, полученным в ходе раскопок, еще за 3000 до н.э. здесь существовало святилище, посвященное богу солнца (Уту в шумерской традиции, Шамаш — в аккадской и ассирийской).
Римляне, завоевав эти земли, перестроили его в крепость, которая с падением империи пришла в запустение. Наконец, предположительно в 493 году, монахом по имени Шлеймун здесь была построена первая церковь, и именно эта дата считается датой основания монастыря.
Монастырь является исторически одним из наиболее значимых центров Сирийской православной церкви, называемой также Сиро-яковитской. С 1160 по 1932 года являлся официальной резиденцией патриарха.
В течение восьми столетий монастырь Дейрулзафаран являлся патриаршей резиденцией. Согласно официальной хронике, на троне, вырезанном из дерева, за это время восседало 122 патриарха Сирийской православной церкви
«Народное» наименование Дейрулзафаран возникло в XV веке и переводится буквально как «шафрановый монастырь». Считается, что связно оно с большим количеством шафранов, произраставших на склонах местных гор в те времена. Официально монастырь носит имя св. Анания.
